Η κύρια αρμοδιότητα της Ιατρικής Υπηρεσίας είναι η προώθηση και προαγωγή της Υγείας, της έρευνας και της εκπαίδευσης, η παροχή υπηρεσιών Υγείας και ο προγραμματισμός και ο έλεγχος των παρεχόμενων υπηρεσιών. Αποτελείται από 2 διατομεακά τμήματα (επειγόντων Περιστατικών και Ημερήσιας Νοσηλείας) και τους ακόλουθους τομείς:

Παθολογικό Τομέα
που απαρτίζεται από τα ακόλουθα τμήματα:

1. Παθολογικό
2. Παιδιατρικό
3. Καρδιολογικό
4. Μονάδα Τεχνητού Νεφρού

Χειρουργικό Τομέα
που απαρτίζεται από τα ακόλουθα τμήματα:

1. Χειρουργικό
2. Οφθαλμολογικό
3. Ωτορινολαρυγγολογικό
4. Μαιευτικό – Γυναικολογικό
5. Αναισθησιολογικό
6. Ορθοπεδικό

Εργαστηριακό Τομέα
που απαρτίζεται από τα ακόλουθα τμήματα:

1. Μικροβιολογικό – Βιοχημικό
2. Ακτινοδιαγνωστικό
3. Αιματολογικό – Αιμοδοσίας
4. Φαρμακευτικό

Το Φαρμακευτικό Τμήμα φέρει την ευθύνη για τον προγραμματισμό προμηθειών, την φύλαξη, την ταξινόμηση, την παρασκευή ιδιοσκευασμάτων, τον έλεγχο, τη χορήγηση, τη διανομή, τη διακίνηση και διαχείριση του φαρμακευτικού και λοιπού υλικού αρμοδιότητας του Ε.Ο.Φ. Ακόμη έχει την ευθύνη του επιστημονικού ελέγχου του συνταγολογίου, της εκτέλεσης οποιασδήποτε συνταγής που θα ζητήσει το ιατρικό τμήμα, καθώς και του ελέγχου των προς εκτέλεση συνταγών.

Η Νοσηλευτική Υπηρεσία έχεις ως αρμοδιότητες την παροχή νοσηλείας στους αρρώστους, σύμφωνα με τα διδάγματα της νοσηλευτικής και στο πλαίσιο των κατευθύνσεων των υπευθύνων σε κάθε περίπτωση γιατρών, η προώθηση και προαγωγή της νοσηλευτικής και της εκπαίδευσης στον τομέα αυτό και ο προγραμματισμός και ο έλεγχος των παρεχόμενων υπηρεσιών. Διαρθρώνεται σε δύο τομείς 1ο και 2ο, που ο καθένας με τη σειρά του διαρθρώνεται σε νοσηλευτικά τμήματα ως ακολούθως:

Ο 1ος τομέας σε τέσσερα τμήματα που καλύπτουν τον Παθολογικό κα Χειρουργικό Τομέα της Ιατρικής Υπηρεσίας

Ο 2ος τομέας σε ένα τμήμα που καλύπτει τον Εργαστηριακό τομέα, τα διατομεακά τμήματα, τα εξωτερικά ιατρεία και τα χειρουργεία της Ιατρικής Υπηρεσίας.

Στο Νοσοκομείο συνιστάται Νοσηλευτική Επιτροπή που αποτελείται από τον Διευθυντή της Νοσηλευτικής Υπηρεσίας, ως πρόεδρο, ένα προϊστάμενο τμήματος από κάθε τομέα και ένα διπλωματούχο τμήματος από κάθε τομέα. Η Νοσηλευτική Επιτροπή γνωμοδοτεί για κάθε θέμα που αφορά την οργάνωση και λειτουργία της Νοσηλευτικής Επιτροπής και εισηγείται σχετικά με τον Πρόεδρό της στα αρμόδια όργανα του Νοσοκομείου.

Η Διοικητική Υπηρεσία διαρθρώνεται σε τμήματα και αυτοτελή γραφεία. Συγκεκριμένα:
Τα τμήματα:

1. Το Τμήμα Προσωπικού που φροντίζει για κάθε που έχει σχέση με την υπηρεσιακή κατάσταση του προσωπικού του Νοσοκομείου καθώς και την εποπτεία και τον έλεγχο του προσωπικού όλων των υπηρεσιών του Νοσοκομείου.
2. Το Τμήμα Γραμματείας που φροντίζει για κάθε που έχει σχέση με την οργάνωση της γραμματειακής στήριξης σύμφωνα με τις αποφάσεις της Διοίκησης και των άλλων υπηρεσιών του Νοσοκομείου, την τήρηση του γενικού πρωτοκόλλου, την διακίνηση της αλληλογραφίας και την αντιμετώπιση κάθε προβλήματος για την διεκπεραίωση του έργου του Νοσοκομείου.
3. Το Τμήμα Οικονομικού του οποίου κύρια φροντίδα είναι η μελέτη των οικονομικών αναγκών του Ιδρύματος και η εισήγηση για την έγκαιρη επεξεργασία των προτάσεων για την κατάρτιση του προϋπολογισμού του Νοσοκομείου, η πραγματοποίηση των δαπανών, η εκκαθάριση των αποδοχών προσωπικού και λοιπών αποζημιώσεων, η προμήθεια, διαχείριση και φύλαξη των εφοδίων και υλικών που χρειάζονται για την λειτουργία του Νοσοκομείου, η κατάρτιση του ισολογισμού και απολογισμού, η τήρηση των λογιστικών βιβλίων καθώς και η είσπραξη των εσόδων του Νοσοκομείου, η ευθύνη για την διαφύλαξη της περιουσίας του Ιδρύματος και η τήρηση των οικονομικών στατιστικών στοιχείων.
4. Το Τμήμα Τεχνικού που έχει την ευθύνη για τον προγραμματισμό και την εισήγηση της εκτέλεσης των απαραίτητων έργων ανάπτυξης, συντήρησης, ανανέωσης και διαρκούς βελτίωσης των κτιριακών και μηχανολογικών εγκαταστάσεων του Νοσοκομείου και για την προμήθεια του απαραίτητου εξοπλισμού. Καταρτίζει μελέτες για την εκτέλεση έργων, επιβλέπει την εκτέλεσή τους και έχει την φροντίδα για την ποιοτική και ποσοτική παραλαβή τους. Η ευθύνη για την ομαλή λειτουργία των ηλεκτρολογικών εγκαταστάσεων, των εγκαταστάσεων παροχής αερίων, των εγκαταστάσεων παροχής νάρκωσης στα χειρουργεία και γενικά για την ομαλή λειτουργία των τεχνολογικών εγκαταστάσεων. Φροντίζει για την συντήρηση και κανονική λειτουργία του επιστημονικού και τεχνολογικού εξοπλισμού, καθώς και των οχημάτων του Νοσοκομείου.
5. Το Τμήμα Πληροφορικής – Οργάνωσης που φέρει την ευθύνη για την οργάνωση και λειτουργία της μηχανογράφησης, την επεξεργασία και τήρηση μηχανογραφικών στατιστικών στοιχείων, την παροχή και διακίνηση πληροφοριών στις υπηρεσίες του Νοσοκομείου, στο Υπουργείο Υγείας, Πρόνοιας και Κοινωνικών Ασφαλίσεων και στους άλλους αρμόδιους φορείς και σε κάθε άλλη συναφή εργασία.
6. Το Τμήμα Βιοϊατρικής Τεχνολογίας με ουσιαστική ευθύνη και φροντίδα την ορθολογική χρήση του ιατρικού επιστημονικού εξοπλισμού, καθώς και την οργανωμένη τεχνική υποστήριξή του.
7. Το Γραφείο Κίνησης αρρώστων που φροντίζει για την έκδοση εισιτηρίων για την εισαγωγή των αρρώστων, την έκδοση των εξιτηρίων και την τήρηση καταλόγου αναμονής εισαγωγής. Τηρεί βιβλίο κενών κάθε φορά κρεβατιών και ενημερώνει τους αρρώστους για την εισαγωγή τους σύμφωνα με τη σειρά στον κατάλογο αναμονής. Φροντίζει για τη λογιστική παρακολούθηση της μερίδας των νοσηλευόμενων, την χρέωση δαπανών νοσηλείας και την έκδοση παροχής υπηρεσιών. Τηρεί λεπτομερή στατιστικά στοιχεία της νοσηλευτικής κίνησης καθώς και βιβλίο ασθενών και παρέχει κάθε πληροφορία γι’ αυτούς.

και τα αυτοτελή γραφεία:

1. Το Γραφείο Διατροφής στο οποίο ανήκουν οι δραστηριότητες που σχετίζονται με τη διαμόρφωση διατροφικών σχημάτων ασθενών και προσωπικού και με την πληροφόρηση και εκπαίδευση των νοσηλευομένων ασθενών και των ασθενών των εξωτερικών ιατρείων που έχουν ανάγκη από ειδική διαιτητική αγωγή. Στο τμήμα διατροφής εντάσσονται επίσης οι επιστημονικές, οργανωτικές, εκπαιδευτικές και διοικητικές δραστηριότητες όλων όσων απασχολούνται με τα τρόφιμα από την προμήθεια μέχρι την κατανάλωσή τους.
2. Το Γραφείο Γραμματείας Εξωτερικών Ιατρείων που φέρει την ευθύνη και φροντίδα για τη γραμματειακή υποστήριξη των τακτικών εξωτερικών ιατρείων, την υποδοχή και εξυπηρέτηση των προσερχόμενων σ’ αυτά ασθενών. Τηρεί τα αρχεία και τα βιβλία κίνησης των εξωτερικών ιατρείων. Ρυθμίζει τη σειρά προσέλευσης των αρρώστων και προγραμματίζει την επανεξέτασή τους με προσυνεννόηση.
3. Το Γραφείο Κοινωνικής Υπηρεσίας του οποίου κύρια δραστηριότητα είναι η ευθύνη και η φροντίδα για τη συμπαράσταση στους νοσηλευόμενους στο Νοσοκομείο για κάθε κοινωνικό τους πρόβλημα, την αναζήτηση και διερεύνηση των αιτιών που προκαλούν τα προβλήματα αυτά κατά περίπτωση και γενικά φροντίζει για την αντιμετώπιση των κοινωνικών αυτών προβλημάτων στο πλαίσιο της γενικότερης Κοινωνική Πολιτικής της Πολιτείας.
4. Το Γραφείο Επιστασίας που φροντίζει για κάθε θέμα που έχει σχέση με την καθαριότητα των χώρων του Νοσοκομείου και την εποπτεία των γενικών εργασιών και μεταφορών.
5. Το Γραφείο Ιματισμού που είναι υπεύθυνο για τη φύλαξη, τη διανομή, τη επιδιόρθωση και καθαριότητα του ιματισμού του προσωπικού του Νοσοκομείου καθώς και του ιματισμού για εξυπηρέτηση των νοσηλευόμενων.