Το μικρό μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, είναι χτισμένο στη βοτσαλωτή παραλία στα δυτικά του Μεγανησίου. Μπορεί να μην έχει να επιδείξει σπουδαίες τοιχογραφίες ή ιδιαίτερα αρχιτεκτονικά χαρακτηριστικά, έχει όμως μεγάλη ιστορία. Χωρίς να έχει επιβεβαιωθεί πλήρως, η παράδοση λέει ότι θεμελιώθηκε πριν το 1477. Λέγεται ότι καταστράφηκε από πειρατές που πέταξαν την εικόνα του Αγίου στη θάλασσα η οποία ανασύρθηκε μέσα στα δίχτυα κάποιου ψαρά.

Το 1800 ο μοναχός Ιωάννης Πατρίκης, από πλούσια οικογένεια και πολύ αγαπητός τόσο στην Ιθάκη όσο και στο Μεγανήσι που το επισκεπτόταν συχνά, έστειλε μια καλόγρια να το ξαναχτίσει. Λέγεται πως η καλόγρια αυτή, με βοηθό της τον Μεγανησιώτη Βασίλη Πολίτη, διακόνευε συνεχώς για να πετύχει το σκοπό της, έφτασε μάλιστα μέχρι τον Τσάρο της Ρωσίας για να συγκεντρώσει τα αναγκαία χρήματα. Στο τέλος τα κατάφερε.

Το μοναστήρι ξαναχτίστηκε και η καλόγρια έμεινε εκεί μέχρι το θάνατό της. Ο τάφος της βρίσκεται ανάμεσα στα θεμέλια του παλιού και του νέου τοίχου του ιερού.